年が明けてから初めて神社や寺院などに参拝する行事のことを初詣といい、一年の感謝や新年のご利益と無病息災・家内安全などを祈願したりするそうです。大晦日の夜に一回、年が明けてから一回参拝することで二年をまたいですることから二年参りというおまいりの仕方もあるそうです。

初詣の起源は、年籠り(としこもり／としごもり)…一家の主（世帯主）が大晦日の夜から元旦の朝にかけてその土地の氏神の社に籠る習慣があったそうで、それが大晦日の夜の除夜詣り、元旦の朝の元朝詣りの2つに判れたそうです。お正月はもともと神道の儀式のようで、その年の福をつかさどる歳神様に鏡もちをお備えし、門松をたててお迎えし、おせち料理を作ってその年の豊作などを祈ったそうです。

明治初期頃の神仏分離が行われる前は、神仏習合による信仰が一般化になっていたそうです。ですから、初詣だけに限らず区別は無いとされていたことで現在も曖昧になっているようです。

お供えしたおせち料理を食べたあとは家族みんなで、歳神様の方角にある神社・寺院におまいりすることで験を担ぐ（恵方参り）風習があったそうですが、現在では自分がおまいりしたい寺院や神社に行くそうです。回数や神社あるいは仏閣に関する規定もないそうで、多数の神社仏閣に参詣すれば色々なご利益があるというかたもいらっしゃるそうで、西日本の一部地域では、「三社参り」という風習があり、正月三が日の間に複数（3社ぐらい）の神社に参拝を行う地域もあるようです。

余談になりますが、おまいりの漢字を使い分けると、神社は『お詣り』、寺院は『お参り』となるそうです。